Sortis par le Cap-Vert, les Lions Indomptables n'iront pas en Afrique du Sud. L'Algérie et le Maroc seront quant à eux de la partie après leurs victoires à domicile contre la Libye et le Mozambique. Après s'être fait peur à l'aller, la Tunisie et le Burkina se sont aussi qualifiés, à l'inverse de la Guinée, battue au Niger. Belle qualification également de l'Ethiopie face au Soudan, du Nigeria contre le Liberia et du Mali devant le Botswana. Mondialistes en 2006, le Togo et l'Angola seront aussi de la partie après avoir battu le Gabon et le Zimbabwe, tout comme le Ghana, qui a éliminé le Malawi. La RD Congo s'est elle aussi qualifiée au détriment de la Guinée Equatoriale, tandis que le Sénégal a vu son match stoppé pour violences en tribunes, et perd donc pas forfait, permettant à la Côte d'Ivoire d'assurer son billet pour la CAN 2013. Enfin, le champion en titre zambien a eu chaud, en validant sa qualification après une longue séance de tirs au but face à l'Ouganda.
Tous les résultats du 2ème tour :
Match aller : Zambie - Ouganda : 1-0
Match retour : Ouganda - Zambie : 1-0 (8 tab à 9)
Match aller : République Centrafricaine - Burkina Faso : 1-0
Match retour : Burkina Faso - République Centrafricaine : 3-1
Match aller : Gabon - Togo : 1-1
Match retour : Togo - Gabon : 2-1
Match aller : Ghana - Malawi : 2-0
Match retour : Malawi - Ghana : 0-1
Match aller : Sierra Leone - Tunisie : 2-2
Match retour : Tunisie - Sierra Leone : 0-0
Match aller : Mali - Botswana : 3-0
Match retour : Botswana - Mali : 1-4
Match aller : Côte d'Ivoire - Sénégal : 4-2
Match retour : Sénégal - Côte d'Ivoire : ARR
Match aller : Soudan - Éthiopie : 5-3
Match retour : Éthiopie - Soudan : 2-0
Match aller : Cap-Vert - Cameroun : 2-0
Match retour : Cameroun - Cap-Vert : 2-1
Match aller : Liberia - Nigeria : 2-2
Match retour : Nigeria - Liberia : 6-1
Match aller : Mozambique - Maroc : 2-0
Match retour : Maroc - Mozambique : 4-0
Match aller : Zimbabwe - Angola : 3-1
Match retour : Angola - Zimbabwe : 2-0
Match aller : RD Congo - Guinée Équatoriale : 4-0
Match retour : Guinée Équatoriale - RD Congo : 2-1
Match aller : Guinée - Niger : 1-0
Match retour : Niger - Guinée : 2-0
Match aller : Libye - Algérie : 0-1
Match retour : Algérie - Libye : 2-0
Les 16 pays qualifiés :
Algérie, Niger, RD Congo, Angola, Maroc, Nigeria, Cap-Vert, Ethiopie, Côte d'Ivoire, Mali, Tunisie, Ghana, Togo, Burkina Faso, Zambie, Afrique du Sud (pays organisateur).
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